Pracą Urzędu kieruje Burmistrz przy pomocy Zastępcy Burmistrza i Sekretarza.

Sekretarz pełni obowiązki Zastępcy Burmistrza, zapewnia sprawne funkcjonowanie Urzędu i warunki jego działania, a także organizację pracy Urzędu - w zakresie ustalonym przez Burmistrza.

W skład Urzędu wchodzą następujące komórki organizacyjne:

- Referat Organizacyjny,
- Referat Finansowy,
- Referat Gospodarki Przestrzennej i Budownictwa
- Referat Geodezji, Rolnictwa i Gospodarki Komunalnej
- Urząd Stanu Cywilnego
- Referat Spraw Obywatelskich,
- Pion Ochrony Informacji Niejawnych,
- Sekcja Obsługi

Na zasadach określonych w odrębnych przepisach Burmistrz sprawuje nadzór nad następującymi jednostkami organizacyjnymi:

- Miejsko - Gminne Centrum Kultury w Choroszczy
- Miejsko - Gminny Ośrodek Pomocy Społecznej w Choroszczy
- Przedszkole Samorządowe w Choroszczy
- Ochotnicze Straże Pożarne
- Zakład Energetyki Cieplnej, Wodociągów i Kanalizacji w Choroszczy
- Zespół Szkół w Choroszczy
- Szkoły Podstawowe
- Zespół Obsługi Szkół